最近解析出的另一种来自SARS-CoV-2的X射线蛋白结构是木瓜样蛋白酶（PLpro）。PLpro是冠状病毒（以及一般的RNA病毒）生命周期中的关键酶。它是一种具有多种功能的半胱氨酸蛋白酶，既能处理病毒多蛋白，也能处理宿主细胞蛋白，并通过水解病毒和细胞底物中的肽键来促进病毒复制。PLpro被用作包括SARS、MERS和HCV在内的不同冠状病毒的药物靶点。
由 Life Chemicals 设计的2019-nCoV木瓜蛋白酶样蛋白酶靶向库包含1700种通过基于对接的虚拟筛选选出的化合物。分子对接基于SARS CoV-2木瓜蛋白酶样蛋白酶与肽抑制剂VIR250复合物的晶体结构（PDB ID：6WUU）进行。Life Chemicals高通量筛选化合物库中的所有化合物均被对接至PLpro催化位点，并设置了6个分子间氢键约束（其中3个为必需）。在必要时允许活性位点中的基团旋转。最终库的筛选基于对接得分值及分子间接触的检查。使用专有的MedChem过滤器从库中移除了PAINS化合物及含有毒性和反应性基团的化合物。