自由配体的三维形状是其被目标生物分子识别及与结合位点亲和力的关键特征。为了与蛋白质靶标紧密结合,药物配体首先应具备合适的构象和空间互补性,以有效适应结合位点。若分子形状需发生显著变化,将需要大量活化能,使此类化合物不适合作为药物。相反,若分子已处于“生物活性构象”(适合结合的形态),则更可能紧密结合并成为良好药物。
近年来,在药物发现项目的高通量筛选中,具有多样化和完善三维形状的非平面筛选化合物已成为最具吸引力的选择。研究表明,命中化合物的更高三维性(3D)与其成功通过各个临床开发阶段密切相关。
毫无疑问,使用更为复杂、更具三维特性的富含sp3杂化碳的筛选化合物,能够显著扩展化学空间,从而在探索更具挑战性的生物靶标时提供优势。
目前,可供您选择的专有三维类药筛选化合物库如下:
三维多样性化合物库(24,800种化合物)
基于三维药效团的筛选库(8,800种化合物)
此外,我们还提供包含15,000种非平面类分子片段的3D形状片段库,以支持高效的基于片段的药物发现(FBDD)。
库设计
3D形状多样性化合物库
所谓的“3D无形状”是由最佳拟合平面(PBF)或惯性主轴(PMI)参数阈值定义的,这些参数目前是描述分子形状的最佳指标。对该主题的出版物进行详细分析使我们能够建立一套评估分子三维多样性的准则。基于与物理化学参数相关的这些截断值,应用于Life Chemicals HTS化合物库,以得到超过24,800 个药物样筛选化合物的选择。
基于3D药效团的多样性库
首先,将PAINS过滤器与Life Chemicals内部开发的毒性团和不希望的功能性过滤器应用于Life Chemicals HTS化合物库。为每个分子生成一个3D构象,然后构建三个最不同的3中心药效团假设,着重于物理化学参数(HBA,HBD等点)。然后从每个药效团池中选择最多样化的虚拟命中化合物,涵盖广泛的化学空间。总共选择了超过8,800个基于特权3D骨架的结构多样化筛选化合物,符合这些药效团假设。