ChemDiv 专有的基于3D药效团的多样性库旨在最大化高通量筛选(HTS)活动中针对各种蛋白质靶点的命中识别效率和效果。该库采用战略方法构建,利用蛋白质结合位点内的多样空间几何结构和潜在相互作用点,遵循“Picklock”概念。这一概念旨在创建一个最小化但高度多样化的化合物库,每个化合物都富含潜在的药效团点,如氢键受体(HBA)、氢键供体(HBD)和疏水/亲脂/芳香(HYD/LIPO/ARO)点。这样的设计确保该库能够与任何蛋白质靶点有效结合,从而高效地产生初步命中。
ChemDiv 基于3D药效团的多样性库包含52,000种化合物。
该库的开发过程涉及多个精细步骤,以优化和增强化合物的选择:
1.对ChemDiv库中超过160万种化合物应用软分子复杂性过滤器(MCFs)和药物相似性过滤器,确保仅考虑具有良好药代动力学和药效学特性的化合物。
2.利用Corina软件为每个分子生成精确的3D构象,为进一步分析提供现实基础。
3.自动构建每个构象的三个不同的三中心药效团假设,重点关注HBA、HBD和HYD/LIPO/ARO等关键药效团特征。
4.对所有生成的药效团假设进行聚类,形成最多样化的3D模型池,代表广泛的分子相互作用。
5.使用这个多样化的药效团模型池进行化合物的计算机筛选,以识别最符合假设药效团结构的化合物。
6.从每个药效团簇中选择最多样化的虚拟命中,确保所选化合物全面覆盖操作化学空间,并可能与目标蛋白质有效相互作用。