基于结构的药物设计（SBDD）最合适的策略是识别和开发针对结核分枝杆菌的独特蛋白质的新药物，这些蛋白质参与了分枝杆菌内最基本的过程，保持了最大的保守性，同时在人类和动物中没有直接同源物。这种方法提高了克服与抑制宿主的相似蛋白质靶点相关的副作用的机会。
2D相似性的抗结核化合物库
该库是通过对23,734个生物活性化合物的2D指纹相似性搜索来开发的（IC50、Ki等小于10 μM，抑制率>25%），这些化合物来自Binding和ChEMBL数据库。通过过滤和合并其活性类型数据，选择了超过4,200个独特的结构多样性小分子化合物。
基于结构的抗结核对接库
该库采用基于受体的方法设计，包括InhA酶的潜在抑制剂，InhA酶是结核分枝杆菌特有的蛋白质，负责细菌细胞壁的合成，在哺乳动物中不存在。根据对接结果，选择了约3,400个能够与InhA蛋白质结合的潜在抗结核药物。化合物是根据配体的效力和预测的结合模式进行选择的。