为了确定可能的水通道蛋白配体结合位点，使用了FTMap服务器。FTMap是一个在线工具，用于搜索结合位点，在位点体积中可视化定位分子探针（小分子或功能基团），并进行表面的溶剂映射。分子探针聚类的重叠指示了潜在的结合位点位置。使用柔性Glide对水通道蛋白1、4和5进行了对接网格和约束的准备，以便对接后续的配体筛选模式，用于与Life Chemicals HTS Compound Collection进行对接。然后，对三个配体结合位点进行了处理和准备，用于对一组测试化合物进行对接。在SYBYL-X中进行了对接配体姿势和接触距离内的结合位点氨基酸的最小化。基于测试化合物的对接姿势，构建了水通道蛋白1、4和5的site1和site3的4个对接模型。选定的潜在水通道蛋白配体按得分值和结合位点附件进行排序 - aq1,4（由于它们的结构非常相似，将这两个结合在一起） site1 - 607，site3 - 340，aq5 site1 - 724，site3 - 343。