Aquaporin库的设计采用了两种不同的方法：灵活对接和高通量筛选。灵活对接协议假设AQ5/AQ4/AQ1蛋白质通道入口处的侧链部分具有自由的可旋转运动。灵活性区域覆盖了四聚体结构中通道中心周围约5 Ų的范围。根据残基突变研究和FT-MAP计算，选择了一个网格框（确定结合区域）的中心。为了扩大可能的结合位点的体积，将一组在文献和Chembl数据库中披露的真正抑制剂与已知与目标相互作用的化合物一起进行对接（AqB013，Bumetanide，Zonisamide，Arbidol和Acetazolamide从文献中获取，一些神经递质，如多巴胺、肾上腺素和血清素，根据我们与学者的合作选择）。通过这种方式，在结合位点中获得了更合适的门的构象，并将这些优化的结构应用于稍微较少耗时的对接过程中的参数估计和生成构象数目。这是对对接到AQ5模型中的参数化的简要示例。那些具有疏水基团并满足其他条件（与列出的任何残基之一形成2-3个氢键相互作用）的化合物，将进入下一个更准确和耗时的对接过程阶段。这些化合物的评分是经验值、能量后处理计算以及立体和氢键影响的组合。评分越高，与配体的结合可能性越大。