Aurora激酶(A、B、C)是丝氨酸/苏氨酸激酶家族的成员,是有丝分裂的关键调节因子。抑制Aurora激酶的药物可能在包括妇科在内的各个领域发挥抗癌作用。Aurora A和Aurora B的激酶活性和表达水平在大多数人类实体瘤的细胞分裂和复制中起到了重要作用。目前,超过十几种Aurora激酶抑制剂,包括Aurora亚型选择性、Aurora B选择性以及泛选择性的抑制剂已经进入临床试验阶段。尽管所有这些类型的抑制剂都显示出了临床前和临床的疗效,但到目前为止还没有一种Aurora激酶抑制剂被批准用于临床使用。特别是,剂量限制性毒性(中性粒细胞减少症)是一个需要解决的关键问题。初步证据表明,在临床中使用选择性Aurora A抑制剂可能避免Aurora B介导的中性粒细胞减少症。
根据这一假设,我们从Life Chemicals库存化合物收集中开发了可能具有选择性抑制Aurora A激酶的库。库中的化合物总数超过590个。
我们的库设计基于在2NP8 PDB条目中记录的Aurora-A ATP结合位点的特定构象。嘧啶基配体与蛋白质活性位点结合引发的构象变化的数量为设计更具特异性的配体提供了机会。通过使用Surflex-Dock工具进行对接,确定了与抑制剂结合的关键氨基酸。根据蛋白质与配体的相互作用,使用SYBYL-X Unity筛选工具准备了蛋白质结合位点的查询模型。利用Unity Flex-Search工具对Life Chemicals库存化合物的预过滤化合物组进行对接过程。以下残基被发现对氢键网络至关重要:Ala213、Pro214、Glu211、Arg137、Gly142和Lys143。蛋白质活性位点的疏水区域也包括在对接约束中。