在库设计中，应用了Ertl等人于2008年发表的评分方法（J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 1, 68-74），对ChemBridge的小分子铅化合物和药物化合物库存进行评分，以识别出其中一部分具有更高天然产物相似性的化合物，其特征更常见于天然产物。选择零及以上的截断值，是因为在该研究中使用的50,000个天然产物中，大多数得分为零或更高（大多数在0到+4的范围内），而在附带分析中使用的100万个合成化合物中，大多数得分为-1.0或更低（详见引文中的图3）。少部分合成化合物和天然产物的得分在-1.0到0的范围内，说明这个得分范围最不适合区分天然产物和合成化合物。