抗新冠病毒化合物库
严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2，曾称2019新型冠状病毒2019-nCoV）在全球范围内迅速传播，造成了前所未有的公共卫生负担。开发能够靶向病毒生命周期多个环节的药物，可能成为应对当前及未来冠状病毒大流行的有效策略。
冠状病毒化合物库收录了约15,000种可能与SARS-CoV-2病毒靶点或宿主靶点ACE2相互作用的化合物。该化合物库由哈佛大学瓦格纳实验室合作筛选建立，采用其自主研发并发表的"虚拟流"筛选方法。关于"虚拟流"方法学的详细说明已发表于《自然》期刊（Gorgulla, C., Boeszoermenyi, A., Wang, Z.等."一个开源药物发现平台实现超大规模虚拟筛选"《自然》580卷663-668页，2020年）。这个针对SARS-CoV-2/COVID-19的小分子化合物库也可应用于其他冠状病毒研究项目。
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陶术生物化合物库目录(60.2 MB) 
库化合物信息
Excel 
SDF 亮点
• 高质量、无PAINS特征、类先导化合物及类药性小分子化合物
• 适用于SARS-CoV-2/COVID-19及其他冠状病毒研究
• 提供超过15,000种化合物，覆盖17个靶点
方法学
ChemBridge公司库存的130余万种化合物通过Virtual Flow筛选平台，针对17种潜在病毒及宿主靶标的40个不同作用位点分别进行了分子对接。经初步筛选后，进一步剔除不符合要求的化合物，确保冠状病毒化合物库仅包含高质量、类先导或类药性化合物，且不含不良化学基团及PAINS结构警示特征。每个靶标筛选的化合物数量介于1,000至5,000种之间，实际每个位点筛选1,000至2,000种化合物。
ChemBridge库存化合物的结构预处理采用VirtualFlow配体预处理模块（VFLP）完成。每次虚拟筛选均使用单一靶标结构，且蛋白质保持刚性构象。针对刺突蛋白HR1结构域、核蛋白RNA结合界面、nsp12的RNA结合位点以及nsp7和ORF7a等位点，采用QuickVina-W2程序进行盲对接；其余位点特异性对接则使用QuickVina 2程序。两种对接软件均基于AutoDock Vina算法。受体结构通过AutoDockTools工具从PDB格式转换为PDBQT格式。
靶点
- 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
- 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
- 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。
