细胞分裂周期由细胞周期依赖性激酶(CDKs)控制,它们由一个催化亚基(cdk1-cdk8)和一个调节亚基(cyclin A - cyclin H)组成。CDKs在细胞周期的G1-S阶段中起着关键作用。在过去的十年中,已经发现了针对这些蛋白激酶的不同类小分子抑制剂,并且通过对该家族成员进行的X射线晶体学研究,已经很好地阐明了抑制剂的结构基础。在Life Chemicals,我们采用独特的方法设计了专门针对CDKs的药物样筛选化合物的筛选库。其中包含1300个化合物,用于Cyclin依赖性激酶7(CDK7)的筛选。
抑制细胞周期依赖性激酶是当前抗癌药物发现研究的重要课题。迄今已报道了几种类型的CDK抑制剂,包括flavopiridole, benzimidazopyrimidines, butyrolactone purine derivatives, staurosporine, indirubin, paullones,等。Life Chemicals使用与抑制剂ICEC0943和ATP-gamma-S结合的CDK7激酶晶体结构来设计CDK7专注和靶向筛选集。采用基于对接的虚拟筛选协议(Schrödinger的Glide,SP模式)在Life Chemicals HTS化合物库中搜索潜在的细胞周期依赖性激酶活性位点结合物。未使用任何对接约束,以允许特殊位置(SP)对接算法探索尽可能多的配体位置和方向。此外,还使用了2D指纹相似性搜索。筛选参考化合物集(从ChEMBL数据库获取的数据)时应用了Tanimoto相似性阈值为85%。参考化合物集中的所有化合物均根据已接受的最大活性值(IC50,Ki50 < 10 mM)进行选择。