小分子调节RNA在原核和真核细胞中的功能作用在药物发现中变得越来越重要。我们认为，有效的RNA导向药物发现活动的一个关键组成部分是获得适当的类药分子筛选集，增加与RNA结合的可能性。理想情况下，这种文库的选择是由结合腔的结构信息、与RNA互补的分子的最佳理化性质以及有利的生物利用度（如细胞通透性）来指导的。与设计用于靶向蛋白质靶点的小分子相比，已知与RNA结合的化学型的多样性相当有限。然而，最近有一些分子的例子，如Ribocil，支持RNA是可药用靶点的事实。
对已发表的具有RNA活性的小分子的系统分析揭示了几个突出的结构元素，这些结构元素可以用作创建RNA药物发现新化合物库的设计模板。特别是，芳香杂环(如核碱基或生物等构类似物)与通过碳-碳键连接的饱和线性或环状组分的组合是具有良好类药物性质的RNA结合配体中非常常见的基序。