FGFR isoform及其受体(FGFRs)被认为是抗癌治疗的重要药物靶点。FGFR1的扩增是鳞状细胞肺癌和激素受体阳性乳腺癌中的关键遗传改变之一。目前,有几种FGFR选择性抑制剂正在进行临床试验,针对携带FGFR遗传改变的患者。这些抑制剂通常具有共同的结构基元,这些基元也存在于其他受体酪氨酸激酶(RTK)家族成员的抑制剂中。因此,单个常见突变可能会对这些抑制剂产生耐药性。缓解这个问题的潜在策略是寻找具有不同化学基团的新型抑制剂。
成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)是一种酪氨酸激酶受体,在血管生成、胚胎发育、细胞增殖、细胞分化和伤口愈合等方面发挥重要作用。Life Chemicals根据来自Life Chemicals库存筛选集的多样的类药化合物,基于受体的方法创建了潜在的FGFR1激酶抑制剂库。成纤维细胞生长因子受体1酪氨酸激酶靶向库中的化合物总数为646个。
库设计:
首先,我们通过药物化学过滤器对化合物进行了过滤,其中包括PAINS和毒性药团过滤器以及五规则限制。然后,我们分析了人类FGFR1激酶的已知X射线结构,并从3RHX PDB条目中选择了一种蛋白质-抑制剂复合物(具有激酶的非活性构象)进行体外筛选。基于确定的关键氨基酸的特征(Ala564、Glu571、Tyr563、Leu484、Phe489、Asp641、Leu630、Ile545、Phe642、Glu531、Val492、Glu562、Met535),创建了蛋白质结合位点的Unity查询模型(UNITY工具,SYBYL-X)。使用Unity Flex-Search工具对来自Life Chemicals库存集合的预选50,000种多样性集合的配体数据库进行筛选。检索到的命中结果根据QFit值进行过滤。随后,使用Surflex-Dock对所选化合物进行对接,以确定命中物的结合模式并减少假阳性结果。