HERV-K抑制剂库
人类内源性逆转录病毒K（HERV-K，其中“K”代表赖氨酸tRNA引物结合位点），也被称为人类畸胎瘤衍生病毒（HDTV），属于人类内源性逆转录病毒（HERVs）家族。这些病毒是在灵长类动物进化过程中由外源性逆转录病毒感染形成的，约占人类基因组的8%。在HERV-K家族中，有多个亚组，分别称为HML-1至HML-11（人类内源性MMTV样），每个亚组都可以追溯到由外源性逆转录病毒引起的不同种系感染。
研究表明，HERVs的重新激活与肿瘤和自身免疫性疾病有关。这在HERV-K（HML-2）家族中尤为明显，该家族是最近的整合群体，突变数量最少，因此在生物学上最为活跃，能够编码功能性逆转录病毒蛋白并产生逆转录病毒样颗粒。尽管迄今为止仍无明确证据表明HERV-K（HML-2）是这些疾病的直接原因，但在多种疾病中已识别出HERV-K（HML-2）转录本的异常表达谱及其对邻近宿主基因的调控功能。
紧跟现代药物发现趋势，Life Chemicals 设计了一个新的HERV-K筛选化合物库，目前包含700多种类药筛选化合物。
等您来询问！
陶术生物化合物库目录(60.2 MB) 
库化合物信息
Excel 
SDF 库设计：
首先，使用BLAST工具对两个序列进行比对，以识别可能指示功能和结构关系的相似区域。尽管各种同源物显示出显著的相似性，但尚未有实验确定的蛋白质结构被报道。因此，在三种不同的计算机模型上进行了对接。
优先采用了UniProt数据库中的AlphaFold模型。此外，VPK7模型（涵盖9至117个氨基酸残基）以及全原子蛋白质结构均从SWISS-MODEL（QMEANDisCo Global：0.58 ± 0.06）和I-TASSER工具中获取。模型质量在MolProbity中进行了评估。Clashscore指标包括所有原子：AlphaFold = 2.07，SWISS-MODEL = 2.4，I-TASSER = 13.61。Ramachandran分析显示，在AlphaFold模型中，94.2%的残基位于优选区域，100.0%位于允许区域；而在SWISS-MODEL模型中，98.1%的残基位于优选区域，100.0%位于允许区域；在I-TASSER模型中，66.0%的残基位于优选区域，89.5%位于允许区域。
基于对接的虚拟筛选协议（采用Schrödinger公司的Glide软件，SP模式）已被用于在Life Chemicals高通量化合物库中搜索潜在的VPK7活性位点结合物。未使用任何对接约束，以便对接算法能够尽可能多地探索配体的位置和方向。
对生成的化合物库进行了相互比较，仅筛选出与所有三种蛋白质模型均发生相互作用的化合物。此外，还应用了内部药物化学（MedChem）和PAINS结构过滤器。
主要特点：
- 方法：高通量虚拟筛选（对接）
- 使用的X射线数据：无
- 约束条件：相互作用位点DTG
- 使用的过滤器：PAINS、毒性、反应性
- 选定的化合物数量：700
