磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)是一种脂质激酶,被认为是癌症治疗的潜在靶点。PI3K是调控多个重要生物过程信号传导的关键节点。PI3K催化肌醇环第3位上的磷脂酰肌醇磷酸化,生成重要的脂质第二信使。PI3K活性的产物将PDK1和Akt Ser/Thr激酶招募到质膜上并激活它们,向细胞传递强烈的增殖和抗凋亡信号。在多种癌细胞中已发现这一信号通路(PI3K/PDK1/Akt,也称为蛋白激酶B)的失调。最近,活跃的PI3K/Akt信号传导已被确认为一系列癌症中细胞生长和存活的主要决定因素。因此,靶向PI3K是癌症治疗的一种有前景的方法,并且已经投入大量努力开发抗肿瘤的PI3K抑制剂。
化合物库中的化合物总数为939种。
PI3K的结构经过深入研究,已经在蛋白质数据库上发布了许多X射线结构。因此,利用现有的结构信息,我们采用基于受体的方法设计了潜在的PI3K抑制剂作为有前景的抗癌剂的Sharp-Focused库。
库设计
基于3BV2 PDB条目,构建了蛋白结合位点的Unity查询模型,并通过共结晶配体的对接验证,其RMSD值为1.3Å(在SYBYL-X中使用UNITY和Surflex-Dock应用程序)。以下氨基酸残基被确定为重要的,因此它们被用于Unity查询特征的准备:Val822、Tyr867、Asp836、Asp841、Lys833(负责形成极性接触);Leu845、Tyr876、Ile879、Ile936(疏水相互作用)。使用五规则限制和PAINS结构过滤器对Life Chemicals库进行了筛选。然后,从筛选后的化合物中准备了配体数据集进行虚拟筛选。筛选过程在UNITY工具中使用柔性搜索启动。使用QFit评分数据提取命中化合物,并准备最终的PI3K靶向库。