直到最近，与修饰半胱氨酸或丝氨酸残基的共价抑制剂相比，靶向赖氨酸侧链的共价抑制剂受到的关注较少。然而，赖氨酸残基在许多酶（例如某些激酶、病毒聚合酶和整合酶、醛酮酸酶、DOPA脱羧酶、P-糖蛋白）的表面和非活性位点以及蛋白质相互作用的“热点”中都存在。

以下“活性弹头”用于包含在库中的化合物的亚结构搜索：
常见的亲电试剂

1. 烯丙基磺酸酯和磺酰胺
2. 丙烯酰胺
3. β-(二甲氨基)丙烯酰胺和-烯酮
4. 丙炔酰胺
5. 磺酰氟
6. 苯磺酸酯
7. 卤代乙酰胺
8. 腈化氰
9. 杂环腈类衍生物
10. 环氧乙烷
11. N-腈
12. 活化的2-卤氮杂环
13. 醛

特定的亲电试剂

1. 丁二酰亚胺
2. 水杨醛
3. 邻酮硼酸衍生物
4. 马来酰亚胺