天然产物以其巨大的骨架多样性和结构复杂性为特征。这种特性,加上在天然化合物中识别出的分子骨架的药物相似性,为设计用于药物发现的新型天然产物衍生化合物库提供了基础。将类天然产物框架应用于基于片段的药物发现(FBDD)中,可能会受益于使用普通合成分子未占据的化学空间中经过生物学验证的区域。
Life Chemicals 推出了一种专有的类天然产物片段集合,该集合通过分子骨架树方法生成。由此产生的筛选库包含超过4200种与天然化合物相似的合成片段,这些片段在具有吸引力的化学空间中为基于片段的药物设计(FBDD)提供了有前景的起点。
Life Chemicals通过采用Scaffold Tree(分子骨架树)方法,提供了一系列天然产物样式的片段库。从Universal Natural Product Database(包含超过406,000个结构的当前版本)中使用Scaffold Tree分析提取了17,000多个二级和三级骨架。在排除了不受欢迎和原始的化学类型后,剩下约4,000个结构被用于在Life Chemicals的General Fragment Collection中进行亚结构搜索。此外,还包括从至少与上述天然产物样式的骨架集合相似度达到85%的骨架衍生的片段。最后,进行了额外的结构过滤。由此产生的片段库包括4200多个类似天然化合物的合成片段,这些片段是进行FBDD的潜力点。