核磁共振（NMR）是实施片段药物发现（FBDD）的有力手段，已提出了几种利用1H-15N异核单量子相干以及一维1H和19F NMR对化合物混合物进行针对目标筛选的方法。与传统的1H NMR相比，19F NMR片段筛选更快速且更准确。大的19F化学位移差异和低片段浓度使得可以筛选大的混合物。这种技术具有高通量（每天可能数千个化合物）和低片段浓度，可以避免溶解度问题。它最近才被引入，旨在靶向蛋白质中的亲氟位点。然而，基于19F的方法的实用性目前受到可购买的氟化片段数量和多样性的限制。以下化合物已从库中删除：
（1）含有O、N、C、H、Br、I、Cl、F、S或P之外的原子的化合物；
（2）不含至少一个脂肪族或芳香族环的化合物；
（3）含有超过4个卤素原子的化合物；
（4）含有与靶蛋白质发生共价结合风险的反应性官能团的化合物；
（5）含有可能导致不良效应的功能基团，如致癌性、毒性、ADME问题、假阳性。