PDZ结构域在将受体蛋白锚定在细胞膜上与细胞骨架成分、不同的细胞内信号转导途径中起着关键作用，许多人类疾病与它们的失调有关。根据氨基酸序列的对齐和系统发育树的形成，将已知三维结构的85个人类PDZ结构域分为十五个组。对每个组中的PDZ结构域进行了结构的超聚，生成了可能与这些结构的结合表面相互作用的所有可能的药效团特征。在聚类后选择正确的特征。结果得到了一组药效团模型（每组从7个到45个不等）。这些模型经过验证、优化，并选择了最佳模型。在药效团筛选过程中，选择了与PDZ结构域的羧酸结合环（βA-βB环）和αB螺旋之间的口袋相互作用的得分最高的化合物。在最后的阶段，选择的化合物进行了聚类，以增加PDZ结构域靶向化合物库的多样性。