在结构模拟中，我们设计了小分子和大环骨架，以模仿在 PPI 界面的肽结构中观察到的骨架几何形状和侧链投影。这些设计包括 b-转角/环模拟物和 a-螺旋模拟物。由于 62% 的蛋白质-蛋白质相互作用中都有螺旋出现在界面上，因此我们专注于包括具有 a 螺旋取代几何形状的模拟物，以及模拟螺旋介导的 PPI 中 "热点 "侧链位置的设计。表位模拟物的设计采用了基于结构的设计，重点关注 PPI 界面的“热点”残基位置。