库设计
为了创建一种新的Life Chemicals潜在蛋白酶抑制剂库，同时应用了基于配体和基于受体的方法。首先，从ChEMBL数据库中准备了一个包含80,000个具有蛋白酶抑制活性的独特分子的参考集，其中包含活性小于10 uM的物质。然后，针对参考化合物集进行了2D指纹相似性搜索，从Life Chemicals HTS化合物库中选择了约5,700个结构多样的筛选化合物。该库排除了PAINS、有毒和反应性化合物。针对不同的目标进行了几次定制的对接。所有的模拟，包括灵活和共价对接以及对半胱氨酸蛋白酶B的化合物优化，都是使用Sybyl-X软件完成的。