蛋白结构模拟物化合物库
人体蛋白质组中已经确定了超过250,000个独立的蛋白质相互作用（PPIs）。尽管其中许多表现出拓扑复杂和庞大的表面区域，但在许多情况下，成功的结合是通过有限数量的关键残基（"热点"）实现的。有多篇文献报道了开发小分子调节蛋白质相互作用（PPIs）的计算和多样性导向方法。其中，非肽类α螺旋和β折叠模拟物尤其重要，因为它们在多个失调的通路中起着关键作用，导致癌症、神经退行性疾病、炎症和免疫紊乱等疾病的发生。蛋白质模拟库包含8960个化合物。 https://enamine.net/compound-libraries/targeted-libraries/ppi-library/protein-mimetics-library
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陶术生物化合物库目录(60.2 MB) 
库化合物信息
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SDF 基于靶向的方法，我们设计了一套针对选择的α螺旋结构域和β折叠的化合物。例如，mdm2-p53、mdm2-CK1α、HIF1-α、MEF2-HDAC4、HIV-1 gp41、CD81/CV、Bcl-2/Bcl-xL等。在虚拟筛选后，优先选择具有新的化学类型的结构。
传统的三个残基方法。包括设计具有异常核心的化合物，其上的常规关键残基模拟了位于一个识别面上（“热点”）的i、i+3/i+4和i+7残基。在建模α螺旋界面时，我们还考虑了双面螺旋模拟物。对于β折叠模拟物，我们应用了三个查询模型，涵盖不同类型的相互作用：π-π堆叠、阳离子-π和氢键相互作用，以及S-π相互作用。后一种重点设计的实例是对Bim BH3结构域与Mcl-1和Bcl-2之间相互作用的建模，并鉴定具有高Fsp3特性的融合多氢化合的氮杂环。
基于配体的方法。选择与已知α螺旋和β折叠模拟物拓扑结构相似的新的化学类型。形状相似性和药效团筛选是库设计的主要工具。
特别选择了独特的富含Fsp3的骨架，其中包含阶梯状的环状骨架，以增强与目标α螺旋和β折叠基序的拓扑和药效团相互作用。
