基于TIMBAL数据库中已知的活性PPI抑制剂(IC50<100 nM),使用贝叶斯建模(ECFP6和FCFP6指纹)准备了包含2508种化合物的iPPI贝叶斯库。这些PPI抑制剂被分为两组:RO4组和非RO4组。每个模型中考虑了多种物理化学描述符,包括分子量(MW)、氢键受体(HBD)、氢键供体(HBA)、LOGP、RB值和环数。最终的化合物选择是根据贝叶斯相似性得分的阈值进行的。含有反应基团的化合物被从库中移除。
针对蛋白质相互作用(PPI)进行靶向是当前药物研发面临的新挑战。由于对PPI抑制剂的兴趣日益增长,我们提供了覆盖PPI抑制剂化学空间的专注化合物库。OTAVAchemicals设计的iPPI专注库是根据最近发表的PPI抑制剂模型和相似性搜索进行化合物选择的。其中包括iPPI Tree库(1176种化合物)和iPPI Bayesian库(2508种化合物)。这些库经过Lipinski规则筛选,但同时考虑到已知PPI抑制剂的较高分子量(MW)和LogP值,MW限制在300到700 Da之间,LogP设置在1到6之间。氢键受体数目在0到10之间,氢键供体数目在0到5之间。此外,两个库中均删除了带有反应基团和广谱抑制剂的化合物。