RNA靶向化合物库
大多数临床批准的小分子药物被证实以蛋白质为靶点。同时，研究表明RNA参与了多种疾病的进展，包括传染性疾病（如HIV、艾滋病、丙型肝炎等病毒感染）和代谢性疾病（如糖尿病、癌症），以及三核苷酸重复疾病（如肌强直性营养不良、亨廷顿病等）。通过小分子药物靶向RNA，为直接调控由RNA调节的多种细胞过程（如转录、剪接、翻译和表观遗传修饰）提供了新的治疗机会，包括那些与“不可成药”蛋白质靶点相关的过程。
在此背景下，Life Chemicals开发了独家RNA筛选库，通过2D相似性搜索和贝叶斯建模两种方法筛选出包含超过23,300种具有预测RNA结合活性的类药小分子化合物。
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陶术生物化合物库目录(60.2 MB) 
库化合物信息
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SDF -
通过2D相似性搜索的RNA筛选子集
首先，通过SMMRNA、PDB、RBIND、FDA、NALDB、PubChem和ChEMBL等数据库，筛选出约4000种已报道的能与RNA结合的分子。随后，通过剔除解离常数（Kd > 10 μM）或抑制值（如IC50等）低于或等于10 μM的化合物，将这一初始参考集缩小至约3200种。接下来，对Life Chemicals HTS Compound Collection进行了2D相似性搜索，以保持多样性（Tanimoto指数和Tversky指数分别≥0.80和≥0.85）。使用基于片段的/化学散列指纹来比较化合物结构。最后，应用PAINS、反应性基团和内部开发的Medchem过滤器，获得了超过40,000种已报道RNA抑制剂的类似物。随后，通过考虑化学多样性对化合物库进行了进一步优化。最终，这一严格的筛选过程产生了超过22,300种类药筛选化合物。 -
通过贝叶斯建模的RNA筛选子集
使用相同的已知RNA结合化合物的训练集构建了一个贝叶斯模型（贝叶斯分类方法），以区分具有已知活性的“良好”分子与其他化合物。在构建贝叶斯模型时，涉及分子指纹（环形FCFP6指纹）和分子性质（分子量、受体数、供体数、LogP、极性表面积、旋转键数、环数）。接下来，将该模型应用于Life Chemicals高通量筛选化合物库，以选择针对RNA的筛选化合物。从结果化合物集中过滤出PAINS和具有“不良”和反应性基团的化合物。最终，筛选出超过1000种类药性化合物。
