该库是基于受体的虚拟筛选设计的，使用了SARS-CoV-2 PLpro的晶体结构（PDB ID： 6W9C）。整个过程包括将药物样绿色集合精确灵活地对接到蛋白酶切割位点。最终选择化合物时，检查了配体结合的关键结构决定因素、对接得分以及与关键活性位点氨基酸残基之间的分子间氢键，包括经典的催化三联体，由Cys111–His272–Asp286组成，位于拇指和手掌亚结构域的交界处。
所设计的 SARS-CoV-2 木瓜蛋白酶类蛋白酶靶向文库仅包含类药物化合物 (PAINS 化合物被过滤掉)。该库旨在筛选项目，以发现新的化合物的活性对 SARS-CoV-2。