RNA-dependent RNA polymerase (RdRP),又称RDR 或RNA 复制酶,是一种酶,能够从RNA 模板上催化合成RNA 的复制过程。RdRP 在RNA 病毒的生长中起着关键作用,因此成为抗病毒药物开发的重要靶点。我们提供病毒RNA-dependent RNA Polymerases (RdRPs) Targeted Library,其中包含1259个预测在病毒RdRP 上具有活性的化合物。该库是通过机器学习(人工神经网络和贝叶斯统计)进行精心设计的。
在机器学习过程中,使用已知对不同病毒(丙型肝炎病毒、乙型肝炎GB病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒和人类脊髓灰质炎病毒)的RdRP具有活性的1706个化合物进行随机划分,分为两个相等的组。每组中活性和非活性化合物的数量相同(活性阈值为400纳摩尔),分别作为训练集和测试集。训练集用于开发贝叶斯和人工神经网络模型。这两种方法基于一系列不同的分子描述符,包括指纹、拓扑描述符、分子量、氢供体和受体数量、环数、可旋转键数、LogP、PSA等。测试集用于验证所有模型。针对最佳的人工神经网络和贝叶斯模型进行了Drug-like Green Collection的虚拟筛选。通过机器学习方法选择得分最高的化合物,并进行视觉分析。应用不同的人工神经网络和模型(总共14种)可以增加在筛选过程中发现的活性化合物的数量。